新疆分院成立后,先后建立了生物研究室、土壤研究室、地理研究室和地質研究室等。
在新疆分院生物室、土壤室、地理室和中科院三個考察隊留疆人員基礎上,正式建立新疆水土生物資源綜合研究所,即新疆生地所的前身。
1965年,新疆分院進行院內調整,將綜合所地理室劃分出去與原直屬分院的地質室合并,成立新疆地質地理所(后更名為新疆地理研究所),綜合所更名為新疆生物土壤研究所(后更名為新疆生物土壤沙漠研究所)。
新疆生物土壤沙漠研究所、新疆地理研究所聯(lián)合重組,中國科學院新疆生態(tài)與地理研究所隆重成立。
新疆生地所進入中科院知識創(chuàng)新工程二期試點單位,迎來了全新的發(fā)展。
新疆生地所進入中科院特色研究所建設試點,并于2018年完成特色所驗收。