1958年，中國(guó)科學(xué)院新疆分院生物研究室、土壤研究室、地理研究室成立。
1961年，在上述三室和中國(guó)科學(xué)院新疆綜合考察隊(duì)等三支考察隊(duì)的基礎(chǔ)上，成立了中國(guó)科學(xué)院新疆水土生物資源綜合研究所，結(jié)束了新疆無(wú)資源、環(huán)境類科研機(jī)構(gòu)的歷史。
1965年，新疆綜合所分建為新疆生物土壤研究所（1974年更名為新疆生物土壤沙漠研究所）和新疆地質(zhì)地理研究所（1970年改制為新疆地震大隊(duì)，1978年恢復(fù)新疆地理研究所）。
1998年7月7日，根據(jù)中國(guó)科學(xué)院黨組關(guān)于結(jié)構(gòu)性調(diào)整的戰(zhàn)略部署和建設(shè)國(guó)家創(chuàng)新體系的戰(zhàn)略決策，新疆生物土壤沙漠研究所和新疆地理研究所實(shí)現(xiàn)聯(lián)合重組，成立中國(guó)科學(xué)院新疆生態(tài)與地理研究所。新疆生地所走上了創(chuàng)新跨越的新歷程。
1999年1月，新疆生地所進(jìn)入中國(guó)科學(xué)院第二批基地型研究所試點(diǎn)單位。
2001年7月2日，新疆生地所正式納入中國(guó)科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程二期試點(diǎn)單位。
2005年6月，新疆生地所完成二期創(chuàng)新評(píng)估，全面完成二期創(chuàng)新考核目標(biāo)。
2006年6月，院評(píng)估研究中心充分肯定新疆生地所二期創(chuàng)新工作，指出“學(xué)科特色與區(qū)域優(yōu)勢(shì)明顯，科技競(jìng)爭(zhēng)力明顯增強(qiáng)，發(fā)展態(tài)勢(shì)強(qiáng)勁”。同時(shí)，肯定新疆生地所“創(chuàng)新三期方案合理，目標(biāo)明確，擬采取的措施切實(shí)可行。”研究所正式進(jìn)入三期創(chuàng)新。
2008年，新疆生地所對(duì)創(chuàng)新三期前期工作進(jìn)行了全面自評(píng)估，結(jié)果表明，中國(guó)科學(xué)院對(duì)新疆生地所三期創(chuàng)新的3項(xiàng)建議已初步實(shí)現(xiàn)。
2010年，新疆生地所制定并實(shí)施“十二五”發(fā)展規(guī)劃。
2011年，新疆生地制定并實(shí)施“十二五”時(shí)期的“一三五”發(fā)展規(guī)劃。
2014年，院率先行動(dòng)計(jì)劃和研究所分類改革的啟動(dòng)實(shí)施，新疆生地所填報(bào)了《特色研究所認(rèn)定申請(qǐng)書》并參加了“生態(tài)文明”領(lǐng)域的認(rèn)定評(píng)議匯報(bào)。
2015年7月，新疆生地所簽署了特色研究所《改革發(fā)展任務(wù)書》，正式進(jìn)入特色研究所試點(diǎn)建設(shè)。
2016年，新疆生地制定并實(shí)施“十三五”時(shí)期的“一三五”發(fā)展規(guī)劃。
2018年7月，新疆生地所順利通過(guò)中科院特色所驗(yàn)收，成為全院14個(gè)特色研究所之一。
